Lietus dēļ aizkavējās Malaizijas "Grand Prix" izcīņas kvalifikācijas braucieni, taču tas netraucēja otro "pole position" pēc kārtas izcīnīt "Mercedes" komandas pilotam Luisam Hamiltonam. Viņš un četrkārtējais F-1 čempions Sebastjans Fetels no "Red Bull" svētdien gaidāmo sezonas otro posmu sāks no pirmās rindas.
Trešajā kvalifikācijas daļā braucējiem bija iespēja veikt divus mēģinājumus, taču lielākā daļa tika izšķirta jau ar pirmo lidojošo apli, kad Hamiltons sasniedza laiku 1:59,431 un par 0,055 sekundēm pārspēja Fetelu. Otrajā piegājienā vācietis vairs nebija ne tuvu tik ātrs un līdz galam nemaz necīnījās, kamēr Hamiltons izslīdēja no trases. Tas gan viņam neliedza iegūt savā īpašumā "pole position".
Niko Rosbergam, kurš uzvarēja sezonas pirmajā posmā Austrālijā un ir čempionāta vadībā, tieši ar otro mēģinājumu izdevās pārspēt "Ferrari" pilotu Fernando Alonso un pakāpties uz trešo vietu. Viņi Sepangā startā sadalīs otro rindu, kamēr no trešās sacensības uzsāks Daniels Rikjardo un Kimi Raikonens. Šie divi trešajā kvalifikācijā nešķita spējīgi sacensties par pirmo starta rindu.
Kvalifikācijas sākums spēcīgā lietus dēļ tika pārcelts 50 minūtes uz priekšu, tomēr arī visās trīs sesijās nokrišņi bija faktors, kas jāņem vērā. Grūtas redzamības apstākļos notika arī pāris incidenti, vienā no kuriem jau Q1 no trases izlidoja un barjerā ietriecās debitants Markuss Ēriksons, bet vēlāk Q2 nelielu sadursmi piedzīvoja Daņila Kvjats un Fernando Alonso. Abos gadījumos tika izkārti sarkanie karogi.