"Baltu ciltis" atspoguļo 13. gadsimta nežēlīgos centienus pievērst kristietībai tagadējo Latvijas teritoriju apdzīvojošos pagānus. Faktos balstītais filmas stāsts veidots, galvenajam varonim, tirgotājam Larsam no Dānijas (aktieris Kaspars Aniņš), apceļojot un iepazīstot kuršu, latgaļu, sēļu, zemgaļu, prūšu, jātvingu, galindu, augštaišu un žemaišu apdzīvotas zemes, kas tobrīd sasniegušas savu augstāko attīstības pakāpi. Dokumentālā drāma uzdod jautājumu, cik daudz mēs vispār zinām par sevi un saviem priekštečiem, un apgāž mītus par baltiem kā arāju tautu, bez romantizēta izskaistinājuma atspoguļojot cīņassparu, drosmi un pagānisko dzīvesziņu, kā arī skaudros dzīves apstākļus.
Pēc iespējas precīzu ieskatu Eiropas pēdējo pagānu dzīvēs veido zinātnisks teksts, vēsturiskas rekonstrukcijas un inscenējumi, autentiski tērpi, rotas, pielāgota vide, kā arī datoranimācija un 3D grafika. Filma radīta ar mērķi ne vien izklaidēt, bet arī izglītot skatītājus par latviešu nācijas vēsturi pirms kristietības ienākšanas Latvijas teritorijā, un to, kā baltu ciltis līdzinājās vai atšķīrās no kaimiņu tautām un kādas pārmaiņas piedzīvoja. Lai vēsturiski precīzi parādītu, kā balti dzīvoja, kam ticēja un kas tos darīja stiprus, filmas tapšanā iesaistījušies vēsturnieki, eksperimentālie arheologi, rekonstruktori un baltu tautu mitoloģijas speciālisti no dažādām Eiropas valstīm, īpaši Skandināvijas.