"Neatkarīgi no tā, vai siltumnīca tiek izmantota tikai no pavasara līdz rudenim vai visu cauru gadu, tā ir jāiztīra no augu atliekām un jādezinficē pēc katras aprites. To nepieciešams veikt, lai uz siltumnīcu konstrukcijām nekrātos kaitēkļiem un slimībām labvēlīgas dzīvotnes un katra nākamā raža izdotos pēc iespējas labāk. Pēc sezonas pirmais uzdevums ir augu atlieku, inventāra, auklu, darbarīku un visu citu priekšmetu izvākšana no siltumnīcas. Tā kā augsnē mājo ne tikai kaitēkļu olas un kūniņas, bet tajā arī saglabājas dažādas sēņu un baktēriju ierosinātas slimības, ieteicams reizi trijos gados siltumnīcā augsni nomainīt. Kad siltumnīcā izvākti saimniecības atkritumi, augu atliekas un citas nevajadzīgas lietas, jāmazgā konstrukcija. To dara ar ūdens strūklu, atbrīvojot plēvi, stiklu vai citas siltumnīcas daļas no aļģēm, ķērpjiem un citiem netīrumiem.
Latvijā siltumnīcu un noliktavu dezinfekcijai ir reģistrēts tikai viens preparāts – "Menno Florades", kura darbīgā viela ir benzoskābe, kas ierobežo sēnīšu, baktēriju, vīrusu ierosinātās slimības un veicina aļģu iznīcināšanu, kuras ir savairojušās uz siltumnīcu sienām. Aļģes un ķērpji ne vien kalpo kā ziemošanas vietas dažādiem kaitīgajiem organismiem, bet arī ierobežo gaismas caurlaidību, samazinot augiem pieejamo gaismu. Lai arī dažkārt šāds pārklājums var kalpot kā noēnojums vasaras karstajās dienās, tam labāk izvēlēties citas metodes. Ar šo preparātu var tīrīt arī darbarīkus, stādu kastes, podus, virsmas. Tiem, kam ir pieeja UV (ultravioleto) lampām, tās var izmantot siltumnīcu attīrīšanai no dažādiem slimību iedīgļiem. Nelielās siltumnīcās augsni var aplaistīt ar karstu (vārošu) ūdeni. Siltumnīcu, inventāra, augsnes dezinfekcijai var izmantot arī citus paņēmienus. Mazāku siltumnīcu īpašnieki var izlīdzēties ar visparastāko veļas pulveri, sajaucot to ar ūdeni 0,5 kilogrami uz 10 litriem un nomazgājot visas konstrukcijas. Augsni var dezinficēt ar vara vitriola šķīdumu. Labāk to izdarīt rudenī, var arī agri pavasarī. Izsmidzina ar smidzinātāju vai aplaista ar lejkannu. Samitrina gan augsni, gan koka konstrukcijas, kastītes, plauktus. Siltumnīcu, kuras nesošās konstrukcijas ir no koka, var sērot. Sēra pulveri novieto uz metāla plāksnēm, pārliecinās, ka siltumnīcā visas spraugas ir aizvērtas un sēru aizdedzina. Ja izvēlēta sērošanas metode, to ieteicams darīt agrā rudenī, kamēr gaisa temperatūra ir no +10 līdz +15 grādiem pēc Celsija. Dārga, bet arī efektīvā metode ir 70% spirta izmantošana. Arī balinātājs kalpo kā dezinfekcijas līdzeklis, tomēr jāatceras, ka siltumnīcā audzējam pārtiku paši sev, tādēļ pret dažādu ķīmisko savienojumu lietošanu jāizturas atbildīgi, ievērojot savu un apkārtējo drošību.