Vakcinācijas vēsture sākās laikā, kad pasaule slimoja ar vienu no visnežēlīgākajām slimībām - bakām. Baku epidēmija satricināja Romas impēriju un paņēma 5 miljonu cilvēku dzīvības. Tieši šī bīstamā slimība bija tā, kas pamudināja angļu mediķi un zinātnieku Edvardu Dženneru (Edward Jeener) meklēt veidu, kā ar mākslīgās imunitātes palīdzību cīnīties pret infekciju slimībām. Viņš bija ievērojis, ka slaucējas ar īstajām (melnajām) bakām neslimo. No pūslīšiem, kas atradās uz govs tesmeņa, viņš ņēma šķidrumu ar govju baku izraisītājiem un to ievadīja cilvēkiem. Tie, kuri šādu vakcīnu saņēma, ar īstajām bakām nesaslima. Ar to arī ir izskaidrojama vārda ”vakcinācija" izcelsme. Latīņu valodā ”vacca" nozīmē ”govs".
Pirms vakcīnu izgudrošanas gandrīz 80% bērniem pastāvēja risks saslimt un nomirt no dažādām infekciju slimībām. Slimo bērnu skaits strauji samazinājās laikā, kad bija pieejamas vakcīnas pret tādām slimībām kā stingumkrampjiem, difteriju, garo klepu u.c.