Trenera karjeras laikā no 2000. līdz 2001. gadam strādājis RTU klubā, kopā ar 1997. gadā dzimušajiem futbolistiem kļūstot pat Latvijas čempionāta bronzas medaļu ieguvējiem. Kopā ar FK "Daugava 90" komandu triumfēja Latvijas 1. līgas čempionātā. No 2005. līdz 2009. gadam Kārkliņš strādāja par Latvijas jauniešu izlases (1990. gadā dzimušo futbolistu) galvenā trenera asistentu. Kopā ar Latvijas jauniešu izlasi 2009. gadā startēja arī UEFA Eiropas čempionāta elites raunda sacensībās.
Kopš 2005. gada viņš strādāja par SK "Babīte" treneri. No 2012. līdz 2014. gadam strādāja arī par Latvijas virslīgas kluba FC "Jūrmala" galvenā trenera asistentu. Kārkliņam bija UEFA A kategorijas trenera licence, un pēdējā laikā viņš strādāja Polijas klubā "Olimpia Kowary" jauniešu komandā.
Seko "Delfi" arī Instagram vai YouTube profilā – pievienojies, lai uzzinātu svarīgāko un interesantāko pirmais!