Saskaņā ar vienoto Deputātu nolikumu, kas ir spēkā no 2009.gada jūlija, visi EP deputāti saņem vienādu algu - 7956,87 eiro pirms nodokļu nomaksas. Algu izmaksā no EP budžeta, un pēc tam, kad tiek atskaitīti ES nodokļi, paliek 6200,72 eiro.
Dalībvalstis uz deputātu algu var attiecināt arī savas valsts nodokļus, taču pamatalga ir noteikta 38,5% apmērā no Eiropas Savienības (ES) Tiesas tiesneša pamatalgas, tādējādi deputāti nevar lemt paši par savu algu apjomu.
Savukārt tie EP deputāti, kas bija Parlamenta deputāti pirms 2009.gada vēlēšanām, varēja izvēlēties saglabāt iepriekšējo dalībvalstu sistēmu attiecībā uz algām, pārejas pabalstiem un pensijām visā viņu dalības laikā EP.
Tāpat deputātiem, sasniedzot 63 gadu vecumu, ir tiesības saņemt vecuma pensiju. Pensijas apmērs ir 3,5% no algas par katru pilnu deputāta pilnvaru īstenošanas gadu, taču tās kopsumma nepārsniedz 70%. Šo pensiju izmaksas sedz no EP budžeta.
EP deputātiem arī tiek nodrošinātas dažādas piemaksas ar to saistīto izdevumu segšanai. Lielākā daļa sanāksmju, piemēram, plenārsēdes, komiteju sanāksmes un politisko grupu sanāksmes notiek Briselē un Strasbūrā. Pēc maksājumu apstiprinošu dokumentu uzrādīšanas EP deputātiem atmaksā faktisko biļešu vērtību sanāksmju apmeklēšanai līdz summai, kas nepārsniedz gaisa pārvadājumu biznesa klases biļetes cenu, dzelzceļa pārvadājumu pirmās klases biļetes cenu vai 0,50 eiro par vienu kilometru braucienam automašīnā, kā arī nemainīgu attāluma un brauciena ilguma piemaksu, kuras mērķis ir segt citus ar braucienu saistītos papildu izdevumus, piemēram, autoceļu nodevas, piemaksu par bagāžu vai rezervēšanas izmaksas.
Iepriekšējā sistēma, kas noteica vienotas likmes piemaksas par ceļošanas izdevumiem uz Briseli un Strasbūru, 2009.gadā tika atcelta, tādēļ EP deputāti var arī saņemt izdevumu atmaksu līdz 4243 eiro gadā par citiem darba braucieniem ārpus savas dalībvalsts un atmaksu par līdz 24 braucieniem abos virzienos savas dalībvalsts robežās.
Deputātiem dodoties darba braucienos ar mērķi piedalīties oficiālās sanāksmēs ES teritorijā, EP maksā vienotas likmes piemaksu 304 eiro apmērā par katru dienu, kad deputāts reāli veicis darba pienākumus. Dienas nauda paredzēta viesnīcas, maltīšu un citu izdevumu segšanai.
Lai saņemtu piemaksu, deputātam gan ir jāapliecina sava klātbūtne, parakstot oficiālo apmeklējumu reģistru. Piemaksu samazina uz pusi, ja deputāts plenārsēžu dienās nepiedalās vairāk nekā pusē elektronisko balsojumu. Ja deputāts dodas darba braucienos ārpus ES teritorijas, dienas nauda sasniedz 152 eiro dienā, bet papildus tiek segti arī uzturēšanās izdevumi.
Bez piemaksām par ceļa un darba braucienu izmaksām deputāts var saņemt arī piemaksu par vispārējiem izdevumiem. Šī piemaksa ir paredzēta tādu izdevumu segšanai kā deputātu biroju nomas un uzturēšanas izmaksas, sakaru un pasta izdevumi, datoru un telefonu iegādes izmaksas. Ja deputāti bez attaisnojoša iemesla neapmeklē pusi no kopējā plenārsēžu skaita viena parlamentārā gada laikā, šīs piemaksas apmēru samazina par 50%. Parlaments deputātiem gan nodrošina aprīkotus birojus kā Briselē, tā Strasbūrā, turklāt, dodoties darba braucienos uz abām pilsētām, EP deputāti var izmantot Parlamenta dienesta automašīnas.
Pagājušajā gadā vispārējo izdevumu piemaksa sasniedza 4299 eiro mēnesī.
Tāpat EP deputātiem ir tiesības saņemt medicīnas izdevumu atmaksu divu trešdaļu apmērā. Neatkarīgi no izdevumu atmaksas apmēra detalizēti šīs sistēmas noteikumi un procedūras ir tādas pašas kā tās, kas attiecas uz ES ierēdņiem.
Savukārt pēc pilnvaru laika beigām deputātiem ir tiesības uz pārejas pabalstu. To piešķir vienas mēnešalgas apmērā par katru deputāta amatā pavadīto gadu. Pabalsta izmaksas ilgums nepārsniedz divus gadus un tas netiek maksāts arī tad, ja deputāts iegūst mandātu kādā citā parlamentā vai ieņem kādu publiskā sektora amatu. Ja deputātam pienākas gan invaliditātes pensija, gan vecuma pensija, viņš nevar saņemt tās abas, bet viņam ir jāizvēlas, kuru saņemt.
EP deputāti var arī izraudzīties savus darbiniekus, ievērojot Parlamenta noteikto budžetu. To akreditēto palīgu nodarbinātību, kuru darba vieta ir Briselē, Luksemburgā vai Strasbūrā, administrē tieši EP administrācija atbilstīgi ES pagaidu darbinieku nodarbinātības noteikumiem. Ar to palīgu nodarbinātību, kuru darba vieta ir EP deputātu dalībvalstīs, strādā kvalificēti pilnvarotie maksātāji, kas nodrošina pareizu nodokļu un sociālā nodrošinājuma prasību izpildi.
Pagājušajā gadā katram deputātam visu ar palīgiem saistīto izmaksu segšanai pieejamā maksimālā summa sasniedza 21 209 eiro, un šie līdzekļi netiek izmaksāti pašiem EP deputātiem.