Septiņu gadu ieslodzījumu stingra režīma kolonijā par smagu noziegumu izdarīšanu Ahmatam Bakijevam piesprieda valsts dienvidu pilsētas Džalalabadas tiesa. Lai garantētu procesa drošību, Džalalabadas pilsētas tiesas sēde notika valsts galvaspilsētā Biškekā.
Ahmats Bakijevs tika apsūdzēts masu nekārtību organizēšanā, starpnacionālā naida kurināšanā, nelikumīga bruņota formējuma organizēšanā, izspiešanā, šaujamieroču nelikumīgā iegūšanā un glabāšanā, patvaļīgā zemju ieņemšanā un nelikumīgā celtniecībā.
Ahmats Bakijevs tika aizturēts pagājušā gada jūlijā īrētā dzīvoklī Džalalabadā, kur viņš bija slēpies, kopš Kurmanbeks Bakijevs 2010.gada 16.aprīlī aizbēga no Kirgizstānas. Aizturēšanas brīdī viņš neizrādīja bruņotu pretošanos, lai gan viņam bija ierocis. Pie Ahmata Bakijeva atrada arī parūku, pielīmējamas ūsas un bārdu.
Ahmats Bakijevs tika izsludināts meklēšanā pēc tam, kad gāztais prezidents Bakijevs atstāja Kirgizstānu. Aizturēšanu apgrūtināja tas, ka Ahmats Bakijevs ir ar ilgstošu operatīvās meklēšanas darba pieredzi iekšlietu struktūrās un pastāvīgi mainīja uzturēšanās vietu, pārvietojoties pa Kirgizstānu, Kazahstānu un Uzbekistānu.
Tiesībsargājošās iestādes uzskata, ka Ahmats Bakijevs kopā ar radiniekiem un gāztā prezidenta aprindu cilvēkiem piedalījās nekārtību organizēšanā Kirgizstānas dienvidos 2010.gada maijā, kad eksprezidenta Bakijeva piekritēji mēģināja sagrābt varu Džalalabadā un iesaistījās bruņotās sadursmēs ar pagaidu valdības piekritējiem. Viņi arī bijuši līdzdalībnieki 2010.gada jūnijā notikušajā starpnacionālajā konfliktā starp kirgīziem un uzbekiem Ošas un Džalalabadas apgabalos, kurā tika nogalināti 435 cilvēki.
Kurmanbeks Bakijevs tika gāzts 2010.gada 7.aprīlī, kad opozīcijas protestu pārņemtajā Kirgizstānā demisionēja valdība un opozīcija izveidoja savu ministru kabinetu. Pēc gāšanas viņš kādu laiku uzturējās Kirgizstānas dienvidos, bet pēc tam atstāja valsti un pašlaik atrodas Baltkrievijā.