Lai gan AIP projektā īstenošanas gaitā bija vērojami trūkumi, gala rezultāti bija iegūti no ekspertu grupu vērtējumiem saskaņā ar iepriekš apstiprināto un visām ieinteresētām pusēm zināmo metodoloģiju. Šajā rakstā parādīšu, ka IZM vērtējuma pamatā ir pilnīgi nekorekta metodoloģija, turklāt ir pārkāpti godīgās konkurences, starptautiskās sadarbības un projektu vadības pamatprincipi. IZM alternatīvo studiju programmu izvērtējumu jau ir asi kritizējusi AIP, kas savā atklātā vēstulē pamatoti norāda, ka "ministrijas veiktajā ... novērtējumā saskatāmas būtiskas ... metodikas problēmas" un ka IZM vērtējuma izmantošana valsts budžeta vietu sadalē būtu, kā minimums, juridiski nepamatota, kā arī Dr. Alberts Prikulis, kas savā blogā norāda, ka vairāki IZM noklusēti izmantotie pieņēmumi ir nekorekti. Piekrītot AIP argumentiem un lielākoties A. Prikuļa argumentiem, centīšos šeit tos pēc iespējas nedublēt, koncentrējoties nevis uz IZM veikto vērtēšanas kritēriju sadalīšanu divās grupās (pamata un fona kritēriji), bet uz citiem IZM pieļautajiem konkrētiem (un smagiem!) metodoloģijas un ētikas pārkāpumiem.
Ņemot vērā gan to, ka augstākās izglītības reformas tieši vai netieši skar gandrīz visus Latvijas iedzīvotājus, gan to, ka runa ir par kliedzošo nekompetenci augstākā valsts pārvaldes līmenī, mēģināšu izskaidrot lietas būtību saprotami plašam lasītāju lokam. Tāpēc, citējot IZM informatīvo materiālu, īsi atgādināšu dažas AIP projekta detaļas (augstskolu pasniedzējiem tie ir, protams, labi zināmi). Eksperti vērtēja katru studiju programmu pēc 62 kritērijiem, izmantojot sekojošo skalu: